'조정'으로 소송 종결 뒤 다시 과세…법원 "과세 특례제척기간 적용 안돼"

[사진=대한민국 법원]

재판부의 '조정 권고'로 과세 소송이 마무리된 경우, 이는 확정판결이 아니기 때문에 국세기본법상 세금 부과 기한의 예외 사유가 될 수 없다는 법원 판단이 나왔다.

20일 법조계에 따르면 서울행정법원 행정4부(부장판사 김정중)는 A씨가 용산세무서장을 상대로 낸 양도소득세부과처분취소소송에서 최근 원고 승소 판결했다.

A씨는 2012년 10월 신주인수권을 행사해 자신이 과거 운영하던 회사 주식을 취득했다. 이 과정에서 약 186억원의 증여이익이 발생했다고 판단해 이듬해 증여세 약 79억원을 신고·납부했다. 세무 당국도 2013년 11월 증여세 신고 내역이 적정하고 별도로 고지할 세액이 없다고 A씨에게 통지했다.

그러나 이듬해 A씨는 "신주인수권 행사로 인한 이익은 증여세 과세 처분 대상이 아니다"라며 증여세부과처분을 취소해달라는 소송을 냈다. 파기환송심까지 간 소송은 2019년 6월 재판부 조정 권고에 따라 세무 당국이 증여세 부과처분을 취소하고 A씨는 소송을 취하하는 것으로 마무리됐다.

이후 세무 당국은 증여세 부과가 취소된 만큼 A씨의 증여이익 186억원을 필요경비에서 제하고 양도세액을 다시 산정해야 한다고 판단했다. 이에 따라 2020년 1월 A씨에게 2012년도 양도세 약 19억원을 부과했다. 하지만 A씨는 세무당국이 부과제척기간을 넘겨 과세했다며 불복 소송을 제기했다. 

세무당국은 "국세기본법에서 인정하는 특례제척 사유에 따라 양도소득세를 부과했기 때문에 문제가 없다"고 주장하며 맞섰다. 국세기본법상 행정 소송 등으로 세금 부과를 다툴 경우 이 소송의 판결이 확정된 때부터 1년 안에 세무 당국이 필요한 추가 처분을 할 수 있다.

재판부는 국세기본법에 따라 국세는 신고서 제출 기한의 다음 날로부터 5년이 지난 후에는 부과할 수 없다며 세무 당국이 양도세 부과제척기간을 넘겼다고 판단했다.

재판부는 "이 사건 양도세 부과제척기간은 2013년 6월 1일부터 5년간임에도 처분이 그 이후에 이뤄졌기 때문에 무효"라며 "A씨가 앞서 제기한 증여세 부과처분 취소소송은 재판부의 조정 권고에 따라 재판 자체가 종료됐기 때문에 확정판결에 해당하지 않는다"고 판시했다.