"타사 연구 내용 복제·연구소 임대료는 R&D 세액공제 안 돼"

국세청, 지방청에 R&D 세액공제 전담팀 신설… 개인·중소기업 심사 담당

[사진=국세청 제공]

#검사용 부품을 개발 중인 A사는 해당 내용을 국가 연구개발 과제로 이미 개발 완료한 B사의 최종보고서를 복제해 연구개발 보고서로 제출했다. 국세청은 공개된 국가 연구개발 결과물을 토대로 연구 내용을 재현, 보고서를 그대로 복제한 활동은 세액공제 대상에 해당하지 않는다고 판단했다.

국세청은 각 지방국세청 법인세과에 연구·인력개발비 세액공제 사전심사 전담팀을 신설하고 세액공제를 받으려는 기업들의 성실신고를 지원한다고 18일 밝혔다.

연구·인력개발비 세액공제는 연구개발 투자 활성화를 위해 내국법인과 거주자가 연구·인력개발에 투자하는 비용의 일정액을 법인세(소득세)에서 공제하는 제도다.

국세통계연보에 따르면 연구·인력개발비 세액공제를 받은 기업의 수는 2017년 3만2891개에서 2019년에는 4만2134개로 증가했다. 이중 중소기업은 2만6607개에서 3만2669개로 늘었다.

연구·인력개발비 세액공제는 당해 과세연도의 세금에서 세액공제액을 차감해 조세절감 효과가 큰 제도다.

실제로 반도체 제조업체 C사는 신성장·원천기술 대상기술인 '차세대 메모리반도체 소재·장비' 개발에 8억원을 사용했다. A사는 중견기업으로, 8억원의 투자 비용 중 20%인 1억6000만원을 공제받을 수 있다. 여기에 신성장·원천기술 연구개발비에 해당해 매출액 대비 연구·인력개발비 비율로 산출한 426만원을 추가해 총 1억6426만원을 공제받았다.

그러나 다른 세액공제 제도가 기업의 규모, 업종, 수입금액 등 형식적 요건만 갖추면 되는 것과 달리 연구·인력개발비 공제는 실질적 요건까지 부합해야 한다. 공제대상 비용 범위와 연구·인력개발 활동 여부 등에 대해 사업자와 과세관청 간의 견해 차이가 크게 나타난다. 추후 세무조사에서 세액공제가 잘못 신고된 것으로 확인되면 공제받은 세액에 가산세까지 추징될 가능성이 있다.

이에 국세청은 지난해 연구개발비 세액공제 적정 여부를 사전에 확인해주는 사전심사 제도를 도입했다. 연구·인력개발비 투자 비용이 세액공제가 가능한 지 여부를 미리 확인해 세무상의 불확실성을 줄여주기 위해서다.

국세청의 사전심사에서 세액공제가 인정되지 않은 사례를 보면 주주인 임원을 전담연구원으로 등록한 경우, 연구소 건물 임차료를 신청한 경우, 부품 개발을 위탁 받아 연구 활동을 수행한 경우 등이 포함됐다. 

국세청은 이번에 신설하는 지방청 전담팀을 통해 개인사업자를 포함해 R&D 세액공제 신청에 어려움을 겪는 중소기업에게 신속한 사전심사를 제공할 계획이다. 본청에서는 일반기업과 중견기업의 사전심사를 맡고 지방청에서는 중소기업과 개인사업자에 대한 사전심사를 담당하게 된다.

사전심사는 법인세 과세표준 신고 전까지 신청할 수 있다. 연구·인력개발비 세액공제 신청 누락분은 경정청구, 수정신고, 기한 후 신고 전까지 가능하다. 또한 연구·인력개발을 위해 이미 지출한 비용 뿐만 아니라 지출 예정 비용과 전체 비용 중 일부 항목에 대해서도 신청할 수 있다. 일반 연구·인력개발비보다 세제 혜택이 큰 신성장·원천기술 연구개발비로 신청할 경우 기술검토는 한국산업기술연구원에서 별도로 심사를 진행한다.

심사 과정에서 부정확한 서류를 제출하거나 사실관계를 변경, 누락하지 않았다면 사전심사 신청 내용에 대해서는 신고내용 확인 및 감면사후관리 대상에서 제외된다. 심사 이후 조사 등으로 심사 결과와 다르게 과세 처분이 되더라도 과소신고 가산세를 면제한다.

국세청은 보다 정밀한 기술검토를 위해 기계, 정보통신, 전기·전자, 화학, 생명공학 등 5명의 산업분야별 전문 인력을 채용했다. 회사에서 제출하는 기술 관련 정보는 접근 권한을 심사부서 담당자로 제안하는 등 보안 관리에 유념하고 있다고 전했다. 또한 세법에 따른 요건에 맞는지 판단할 최소한의 자료만 제출하면 된다

국세청은 향후 'R&D 세액공제 사전심사 사례집'을 매년 발간해 성실신고를 지원할 계획이다.

국세청 관계자는 "사전심사는 의무 사항은 아니며 성실신고 지원을 위해 도입된 제도"라며 "특별한 사유가 없다면 2주 내에 심사를 처리하고 신고 기한까지 처리가 되지 않을 경우 경정청구 등을 안내하고 있다"라고 말했다.