정부, 종부세 강화안 일부 후퇴…비거주 공제 축소·상한 인상 철회

실거주 1주택 기본공제 14억원으로 확대

일반 ISA 계약기간 제한 없애고 청년미래적금 중복가입 허용

이재명 대통령이 1일 청와대에서 열린 국무회의에서 발언하고 있다.[사진=연합뉴스]

정부가 비거주 1주택자의 종합부동산세 기본공제를 12억원에서 9억원으로 낮추려던 방안을 철회했다. 종부세 세부담 상한을 직전 연도 보유세의 150%에서 200%로 높이려던 계획도 현행을 유지하는 쪽으로 돌아섰다.

정부는 1일 국무회의에서 이 같은 내용을 담은 ‘2026년 세제개편안’을 최종 확정했다. 지난달 3일 세제개편안을 발표한 뒤 부처 협의와 입법예고 과정에서 제기된 의견을 반영해 종부세와 개인종합자산관리계좌(ISA) 개편안 등을 수정했다.

1가구 1주택자의 종부세 기본공제는 거주 여부에 따라 차등 적용한다. 실거주자는 현행 12억원에서 14억원으로 확대하지만 비거주자는 현행 12억원을 유지한다. 당초 정부안은 비거주 1주택자의 공제액을 9억원으로 낮추는 내용이었다.

부부 공동명의 1주택자는 실거주할 경우 각각 9억원의 기본공제를 유지한다. 비거주 공동명의자의 공제액은 각각 6억원으로 조정한다.

주택분과 토지분 종부세의 세부담 상한은 현행 150%를 유지하기로 했다. 세부담 상한은 해당 연도 보유세가 직전 연도 재산세와 종부세 합계의 일정 비율을 넘지 못하도록 제한하는 제도다.

정부는 당초 세부담 상한을 200%로 높여 종부세가 전년보다 최대 두 배까지 늘어날 수 있도록 할 계획이었다. 입법예고 과정에서 납세자의 급격한 세 부담 증가 우려가 제기되자 인상 방침을 철회했다.

일반 ISA의 계약 기간과 납입한도 개편안도 원점으로 돌아갔다. 최초 계약 기간을 3년, 총계약 기간을 5년으로 제한하려던 방안을 철회하고 현행처럼 최소 계약 기간만 3년으로 두기로 했다. 최대 계약 기간에는 제한을 두지 않는다.

연간 2000만원인 ISA 납입한도에서 사용하지 않은 금액의 이월을 막으려던 방안도 취소했다. 2029년 말로 일몰기한을 두려던 계획 역시 철회해 현행 제도를 유지한다.

새로 도입하는 생산적금융 ISA는 지원을 확대한다. 계약 기간은 최소 3년으로 두되 최대 기간 제한을 없애고 사용하지 않은 연간 납입한도의 이월을 허용한다. 일몰기한도 설정하지 않기로 했다.

생산적금융 ISA의 납입한도는 연간 2000만원, 총 2억원이다. 청년형 생산적금융 ISA 가입자는 일정 소득 이하일 경우 납입금의 10%를 소득공제받을 수 있다. 청년미래적금과 중복 가입도 허용한다.

정부는 상속·증여 과정에서 이른바 ‘주가 누르기’를 막기 위한 상장주식 평가방법 개선안도 보완하기로 했다. 당정 논의와 추가 의견 수렴을 거쳐 정기국회 심사 과정에서 합리적인 개선 방안을 마련할 방침이다.

인적용역 사업자의 원천징수세율은 3%에서 2%로 낮춘다. 다만 보험판매업자는 간편장부 대상 여부와 관계없이 현행 3%를 유지한다.

도시철도 건설용역에 대한 부가가치세 영세율 경과조치 대상은 확대한다. 민자사업은 올해 말까지 타당성 분석이나 제안서 작성이 완료된 사업까지, 재정사업은 올해 말까지 기본계획이 고시되고 내년 말까지 사업계획이나 실시계획이 승인된 사업까지 종전 규정을 적용한다.

정부는 이날 국무회의를 통과한 국세기본법과 소득세법, 법인세법, 종부세법 등 11개 세법 개정안을 오는 3일까지 국회에 제출한다. 이후 정기국회 상임위원회와 본회의 심사를 거쳐 최종 확정될 예정이다.