[2026 세제개편안] 지방 투자 세액공제 최대 1.5배…인구감소지역 청년 소득세 10년 감면

구윤철 부총리 겸 재정경제부 장관 [사진=재정경제부]

정부가 연구개발(R&D)과 설비투자에 대한 세액공제를 지역에 따라 차등 적용한다. 수도권보다 지방에 더 높은 공제액을 적용하고 인구감소지역 등 우대지역 중소기업에 취업한 청년에게는 소득세 감면 기간을 최대 10년으로 늘려 기업과 인력의 지방 이전을 유도한다는 구상이다.

재정경제부는 3일 세제발전심의위원회에서 이 같은 내용을 담은 '2026년 세제개편안'을 발표했다.

정부는 R&D 비용 세액공제와 통합투자세액공제에 지역별 계수를 곱해 지방에 더 높은 공제율을 적용하기로 했다. 국내 생산 기반이 취약한 품목을 대상으로 신설하는 국내생산세액공제에도 같은 방식을 적용한다.

지역별 계수는 수도권 1.0, 비수도권 광역시 등 1.1, 기타 비수도권 1.3, 기타 비수도권 우대지역 1.5로 차등 적용한다. 같은 규모의 투자로 수도권에서 100억원을 공제받는다면 비수도권 광역시 등에서는 110억원, 기타 비수도권에서는 130억원, 우대지역에서는 150억원을 공제받는 구조다.

우대지역의 구체적인 범위는 서울과의 거리, 인구 및 경제·사회 여건 등을 반영한 '지방우대지수'를 토대로 정한다. 정부는 내년 2월 조세특례제한법 시행령을 개정해 세부 지역을 확정할 방침이다.

기업 투자뿐 아니라 중소기업 취업자에 대한 소득세 감면도 사업장 소재지별로 차등 적용한다. 청년은 현재 지역과 관계없이 5년간 소득세의 90%를 감면받지만 개편 이후에는 비수도권 광역시에서 6년, 기타 비수도권에서 7년, 우대지역에서 10년으로 감면 기간이 늘어난다. 수도권은 현행과 같이 5년이다. 연간 감면 한도는 200만원이다.

60세 이상 고령자와 장애인, 경력단절자 등의 감면 기간은 3년으로 유지하되 감면율을 수도권 70%, 비수도권 광역시 75%, 기타 비수도권 80%, 우대지역 90%로 차등화한다. 지역별 감면 제도의 적용기한은 2029년 말까지다.

기업이 비수도권으로 이전하거나 지방에 사업장을 신설·증설하면서 기존 근로자에게 지급한 이주수당에 대해서는 3년간 월 한도 내에서 근로소득세를 비과세한다. 비과세 한도는 기본적으로 월 20만원이며 우대지역은 월 50만원까지 높아진다.

세제 혜택이 실제 지역경제로 이어지도록 환류 장치도 마련한다. 지방 이전·입주 기업이 감면 기간에 해당 지역의 투자와 연구개발, 고용, 상생협력금 등에 사용한 금액이 감면세액의 30%에 미달하면 그 차액을 추징한다.

지방 창업기업에 대한 세액감면도 확대한다. 일반 창업 중소기업의 소득세·법인세 감면율은 수도권 과밀억제권역을 제외한 수도권 25%, 비수도권 광역시 등 50%, 기타 비수도권 60%, 우대지역 70%로 차등 적용한다. 청년 창업기업은 비수도권에서 100%를 감면받는다. 점프업 중소기업과 청년 신산업 중소기업에 대한 감면율도 지역에 따라 차등 적용한다.

고향사랑기부금 세액공제에도 지역별 차등을 둔다. 10만원 초과 20만원 이하 기부금은 비수도권 광역시 등에서 40%, 기타 비수도권과 우대지역에서 50%를 공제한다. 20만원 초과 2000만원 이하 기부금의 공제율은 우대지역에서 25%로 높아질 방침이다.