대법원, '국내 미등록 특허권 사용료'도 국내원천소득 인정

30년 판례 변경…기업들 사용료 안분·증명책임 대비 필요

법조계 "과세 리스크 커져…계약 검토·자료 확보 필수"

대법원 전경 [사진=연합뉴스]

대법원이 미국법인 보유 특허권에 대한 사용료 지급 사건에서 국내에 등록되지 않은 특허권이라도 국내에서 기술이 사용됐다면 그 대가는 국내원천소득에 해당한다고 최근 판결했다. 30여 년간 유지돼 온 종전 판례를 변경한 것으로, 향후 기업들의 조세 부담과 실무 대응에 적잖은 영향을 줄 전망이다.

대법원은 해당 사건에서 내국법인이 미국법인과 전 세계를 대상으로 하는 라이선스 계약을 체결하고 사용료를 지급한 뒤 이를 근거로 환급을 요구한 사건에 대해 원심을 확정했다. 종전 판례는 국내 미등록 특허권 사용료를 국내원천소득으로 보지 않았으나, 이번 판결은 특허기술이 국내 제조·판매에 활용됐다면 국내 등록 여부와 무관하게 과세 대상이라는 점을 분명히 했다.

재판부는 "구 법인세법 제93조 제8호는 특허권 자체가 아니라 그 대상이 되는 제조방법·기술·정보 등의 사용을 기준으로 한다"며 "국내에서 특허기술이 사용됐다면 그 대가인 사용료는 국내원천소득"이라고 밝혔다. 이에 따라 국내 미등록 특허권이라는 이유만으로 과세 대상에서 제외되기는 어려워졌다.

다만 법조계는 판결에도 불구하고 사용료 안분 문제와 증명책임 문제 등 법적 분쟁 소지가 남아 있다고 지적한다. 기업이 국내와 해외에서 동시에 제품을 제조·판매하는 경우 국내 사용분을 어떤 기준으로 안분할지 명확하지 않고, 미국법인으로부터 다수의 특허를 일괄적으로 라이선스를 받는 사례에서는 특정이 더 어렵다는 것이다.

향후 과세당국이 비정기조사나 기획조사에 나설 가능성도 제기된다. 전문가들은 기업이 리스크를 줄이려면 △라이선스 계약서의 기술 범위·사용료 산정 근거 명확화 △국내외 매출·생산량에 따른 합리적 안분 기준 설정 △내부 기술 보고서·지원 내역 등 객관적 증빙 확보가 필요하다고 강조했다.

또한 원천징수의무자인 내국법인의 경우 과세 위험을 최소화하기 위해 사용료 전부에 대해 법인세를 원천징수하고 추후 경정청구를 통해 권리구제를 받는 방안도 검토할 필요가 있다는 조언이 나온다.