임상시험 부가세 적용 강행에 병원·제약사 반발

아주경제 조현미 기자 = 세무당국이 그간 부가가치세 면제 대상이던 대학병원의 임상시험 용역에 대한 과세를 결정하자 병원계와 제약업계가 크게 반발하고 있다. 업계는 임상시험 활성화에 따른 연구개발(R&D) 투자 분위기와 수익 등이 크게 꺽일 것으로 우려했다.

23일 병원과 제약업계에 따르면 국세청과 기획재정부는 보건복지부의 반대에도 불구하고 임상시험 용역에 대한 부가세 부과와 함께 소급적용을 추진 중이다.

임상시험 부가세 문제는 국세청이 지난해 말 기재부의 유권해석을 토대로 일부 대학병원의 임상시험 용역에 부가세를 추징하면서 촉발됐다. 

기재부는 임상시험 용역은 정형화된 것으로 새로운 이론 등에 관한 연구용역이 아닌만큼 부가세 부과 대상이고 판단했다.

이를 근거로 국세청은 병원들이 임상시험으로 진료 이외의 수익을 올리는 만큼 이를 수익사업으로 보고 과세를 해야 한다는 방침을 세웠다.

최근에는 서울성모병원·한림대성심병원·을지병원 등 3개 대학병원에 2008년부터 2012년까지 최근 5년간의 임상시험 용역에 부가세를 추징했다. 추징액은 130억원에 달한다.

병원계는 부당한 처분이라고 반발한다. 학술연구용역과 기술개발을 면세 대상으로 규정한 부가가치세법에 근거해 부가세를 신고하지 않았다는 주장이다.

병원이 우선 부가세를 내고 제약사 등 위탁기관에서 나중에 추징 비용을 받아야 해 분쟁이 발생할 수 있다고 지적한다. 더구나 임상시험 용역의 절반 가량이 외국계 제약사여서 국가간 분쟁 소지가 있다고 밝혔다.

병원계는 부가세 적용을 강행할 경우 국내 대학병원들이 부담해야 할 추징금 규모는 900억원에 달할 것으로 추산한다.

임상시험 비용 상승에 따른 경쟁력 하락도 우려 사항이다. 우리나라는 낮은 임상비용을 바탕으로 임상시험 시장에 뛰어든 지 10년 만에 아시아 1위, 전세계 10위권에 올랐다.

대한병원협회 측은 “가격 경쟁력 때문에 우리나라가 짧은 시간에 임상시험 선진국에 오른 것”이라며 “의료산업화를 위해 불필요한 규제는 개선한다는 정부 정책과도 배치된다”고 지적했다.

제약업계는 기재부의 유권해석은 임상시험에 대한 이해부족이라고 지적하며 부가세 부과에 거세게 저항하고 있다.

특히 소관 부처인 복지부가 부가세 면제 대상이라고 판단했음에도 기재부 등이 일방적이고 자의적인 결정을 내렸다며 수용할 수 없다는 입장이다.

한국제약협회 측은 “지금까지 면제해 온 부가세를 돌연 방침을 바꿔 납부하도록 하고 더욱이 5년간 소급적용하겠다는 것은 제약산업의 R&D 역량을 비롯한 보건의료계의 경쟁력을 크게 저해하는 처사”라고 비난했다.

이어 “부가세 부과의 부당성을 바로잡기 위해 복지부 등 주무 부처와 적극 협의해 나갈 것”이라고 밝혔다.